Bash'le Genom Analizi Atölyesi

Genom verisine artık başka türlü bakacaksınız

Elinizde bir FASTA dosyası var. İçinde ne var, ne kadar büyük, başka genomlarla karşılaştırabilir misiniz? Bash’i yalnızca komut ezberlemek için değil, bu biyolojik soruları sormayı kolaylaştıran bir araç olarak kullanacağız.

1. gün — Veriyi tanı, kontrol et, temizle

• Gerçek bir makale ve açık genom verileriyle biyolojik soruyu tanımak.
• Terminalde güvenli gezinme; FASTA/FASTQ gibi veri dosyalarını okumak.
• head, tail, wc, grep, cut, sort, uniq, awk ve pipe mantığı.
• Belirsiz bazlar, contig uzunlukları, temel kalite ve filtreleme kararları.
• Ham veriyi koruyarak ilk küçük betiğimizi yazmak.

2. gün — Karşılaştır, otomatikleştir, yorumla

• Birden fazla genom için özet tablo üretmek; GC ve temel genom istatistikleri.
• seqkit, NCBI datasets ve Mash ile genom verilerini karşılaştırmak.
• for döngüsüyle tekrarlanan işlemleri küçük bir akışa dönüştürmek.
• Prodigal/BLAST çıktılarından protein izleri sürmek; MAFFT/IQ-TREE ağacı canlı gösterimi.
• Mini proje: “Gizemli genom”. Yapay zekâdan gelen komutları sorgulamak ve hata avı.

Araç katmanları: Temel Bash ve genom karşılaştırmasını herkesle birlikte çalışacağız. BLAST/Prodigal ikinci katman, ağaç üretimi eğitmen demosu olarak planlandı. Ayrıntılı akış katılımcıların ilerleme hızına göre uyarlanabilir.

Kimler için?

Biyoloji, moleküler biyoloji, genetik, biyoteknoloji, tıp, veterinerlik ve diğer yaşam bilimlerinde okuyan ya da çalışan; verisiyle daha bağımsız çalışmak isteyen herkes için. Başlangıç seviyesinde Bash bilmek gerekmiyor.

Dahil olan kaynaklar: Ders notları, komut rehberi, kontrol listesi ve yapay zekâ prompt şablonu.

Tek atölye mi, bütün seri mi?

Bash atölyesi 3.450 TL. Bash + Python + Docker serisini birlikte alırsanız toplam 8.000 TL ödersiniz; tek tek satın almaya göre 2.350 TL avantaj sağlarsınız.

30 saatlik üçlü seriyi inceleyin →

Kredi kartına taksitli ödeme imkânı bulunur. Kesin taksit seçenekleri ödeme ekranında görüntülenir. Ücretsiz workshop katılımcılarına özel ek avantajlar, canlı etkinlik sırasında ve katılım doğrulamasının ardından duyurulacaktır.